Одним из, пожалуй, лучших игроков в истории клуба, Сан-Хосе Шаркс объявили, что в следующем сезоне они будут вывешивать флаг с номером 19 в честь Джо Торнтона. Последний матч Торнтона в составе Шаркс состоялся 11 марта 2020 года. На данный момент только Патрик Марло является еще одним игроком клуба, чей номер был выведен из обращения.

Торнтон пришел в Сан-Хосе через обмен; обмен, который сейчас считается одним из самых неудачных в истории НХЛ. Недовольный тогдашним положением дел в Бостон Брюинз, Торнтон был переведен в Шаркс в обмен на Брэда Стюарта, Марко Штурма и Уэйна Примо, после того, как он лидировал в бомбардирской гонке Бостона в начале сезона 2005-06. Почти сразу после своего прихода в Сан-Хосе, Торнтон начал набирать обороты, забив 20 голов и набрав 92 очка в 58 матчах, что позволило ему завоевать Трофей Харта и Трофей Арта Росса в конце сезона.

В течение следующих 14 сезонов Торнтон провел 1104 матча в составе Шаркс, заняв второе место по голам, первое место по результативным передачам и второе место по набранным очкам - 251, 804 и 1055 соответственно. За 15 лет в Сан-Хосе Торнтон привел Шаркс в плей-офф 12 раз, забив 20 голов и отдав 115 результативных передач в 144 матчах.

Хотя Трофей Харта и Трофей Арта Росса - единственные индивидуальные награды, которые он получил в Сан-Хосе, он также получал голоса за включение в НХЛ All-Star Team, Трофей Фрэнка Дж. Селке и Трофей Леди Бинг, а также за Трофей Харта во время своего выступления за Шаркс.

Торнтон войдет в число несомненных звезд Холл оф Фейма, которым не удалось выиграть Кубок Стэнли в течение своей карьеры. Однако, ближе всего он был к этому во время плей-офф Кубка Стэнли 2016 года, когда Шаркс смогли довести серию с Питтсбург Пингвинз до шестого матча финала.