Первоначально клуб был основан в 1960 году как «Банга» — Banga. В трёх сезонах (1960—1962) принимал участие в чемпионате СССР в классе «Б». В 1962 году принял участие в Кубке СССР. Клуб завоёвывал звание чемпиона Литовской ССР в 1986 и 1989 годах. В 1990 году участвовал в розыгрыше чемпионата Прибалтики.

После того как Литва снова обрела независимость, клуб был реформирован: сначала после сезона 1991 года, который был проведён в чемпионате Литвы (занято 3-е место) он объединился с «Вилией»[lt] — другим каунасским клубом (участником первых двух чемпионатов Литвы: 1990 и 1991), в сезоне-1991/92 назывался «Банга-Гранитас», в сезоне-1992/93 — «Банга», а в 1993 году был переименован в «ФБК Каунас» и было добавлено бейсбольное отделение (которое позднее отделили и образовали «БК Каунас»).

Непродолжительное время именовался «Жальгирисом», выиграл чемпионат Литвы сезона 1999 года под этим названием.

«Матчем тысячелетия» в Литве назвали[кто?] матч «Каунас» — «Ливерпуль» второго отборочного раунда Лиги чемпионов 2005/06[источник не указан 3168 дней]: по сумме двух матчей «Ливерпуль» победил 5:1 (3:1 и 2:0 соответственно). 5 августа 2008 года в том же втором отборочном раунде Лиги чемпионов «Каунас» сенсационно победил финалистов последнего Кубка УЕФА «Рейнджерс» (2:1; в первом матче — 0:0).